高新技术企业政策是我国发展高新技术产业、促进科技创新的战略性部署，自1991年启动实施以来，通过税收优惠引导和支持企业技术创新，培育催生出我国高新技术企业群体，对于推动我国高新技术产业发展起到了积极作用。据统计，2020年，全国高新技术企业27.8万家，占全国企业总量的0.6%；R&D经费支出约1.3万亿元，占到全国企业R&D总经费的70%以上；当年授权国内发明专利21.7万件，占全国总量的49.3%；全年上缴税收超过1.8万亿元，占全国税收总收入的11.9%，当年减免所得税约2800亿元。实践证明，高新技术企业是我国研发投入和创新产出的主体，形成了“研发投入—效益提高—税收减免—加大研发投入”良性循环。
改革开放以来，在党的路线方针指引下，在科技政策的激励下，我国民营经济不断发展壮大，贡献了70%以上的技术创新成果和90%以上的高新技术企业数量，成为科技创新的重要主体。据调查统计，民营规上工业企业研发经费投入和研发人员数分别占全国规上工业企业的52.7%和55.4%，发明专利申请数和有效发明专利数分别占78.1%和79.4%；国家科技创新创业人才中，来自民营企业的人才占比超过90%，中青年科技创新领军人才和重点领域创新团队负责人中，来自民营企业的人才占比为74%。全国工商联发布的民营企业科技创新状况报告显示，2020年，研发投入前1000家民营企业的研发费用总额8185亿元，同比增长16.2%，占全国企业研发经费支出的33.6%；平均研发投入强度2.57%，同比增加0.1个百分点，比全国研发投入强度高0.17个百分点。
不过，调查也发现，近年来，高新技术企业政策的创新激励效应出现了弱化，主要原因有三点：一是随着西部大开发、海南自贸港建设等国家重大战略以及重点行业扶持政策的深入实施，注册在西部地区、海南省的广大企业以及全国重点软件企业等，可以依法依规便利享受减按15%税率征收企业所得税的优惠政策，而且政策门槛更低、支持领域更泛、覆盖率更广，一定程度上弱化了鼓励企业加大研发投入、提升创新能力的政策激励作用；二是随着2018年国务院将企业研发费用加计扣除比例提高到75%的政策由科技型中小企业扩大至所有企业，以及2021年新实施的制造业企业加计扣除比例提高到100%的税收优惠，高新技术企业政策在引导企业加强技术创新方面的激励效应进一步弱化；三是美、英、德、日等创新发达国家现行的企业研发费用税收抵免政策的实际效力约等同于研发费用加计扣除比例在31%-130%之间。
可以看出，我国现行政策已经不利于高新技术企业的培育壮大和质量提升；不利于在外部技术封锁和遏制力度加大的情形下，引导民营企业增加研发投入总量、提高研发投入强度；不利于推动产学研用深度融合，打好关键核心技术攻坚战。
为了更好发挥民营企业科技创新重要主体作用，加快培育民营科技领军企业，突破产业链“卡脖子”技术瓶颈，实现高水平科技自立自强，有力支撑我国科技强国和创新型国家建设，全国工商联在向全国政协十三届五次会议提交的《关于提高高新技术企业研发费用加计扣除比例引导民营企业加大研发投入的提案》中建议：一要进一步加大高新技术企业政策优惠力度，将高新技术企业研发费用加计扣除比例提高至150%；二要建立落实和完善惠企科技政策的长效机制，深入推动高新技术企业和科技型中小企业认定、研发投入加计扣除及无形资产税前摊销、政府采购、科技金融等普惠性创新政策落地实施，取得实效，推动民营企业充分享受惠企科技政策。
